Сохранение форматирования вики-страниц

Здесь Способы оформления статей можно посмотреть статьи, как оформляются  вики-страницы, язык разметки.

Здесь Парсеры можно посмотреть список парсеров, в том числе и на Java на HTML. 

Большинство из них находится в стадии активной разработки.

Библиотека для конвертации вики-текста info.bliki.wiki уже используется в проекте.

Mylyn работает вместе с eclipse, поддерживает практически всё форматирование википедии.